La création de la Base d'Aéronautique Navale d'Agadir dans une enclave de la Base Aérienne existante, est contemporaine du débarquement des Alliés du 8 novembre 1942 au Maroc.
Si Agadir ne fut pas concernée directement par le débarquement allié, la base servira de plateforme de repli pour l'Aéronautique et les formations rescapées de la BAN Port-Lyautey passée sous contrôle américain. Ces derniers décident de faire du terrain d'Agadir une base auxiliaire.

En 1944, deux importantes flottilles de l'Aéronautique navale, la 6FE et la 8FE rejoignent Agadir pour participer aux missions déterminées par les Américains.
Pendant cette période, la base aérienne et la zone civile seront quasiment inexistantes.

Au mois de juin 1945, les Américains quitteront définitivement la base d'Agadir dont ils furent les "patrons opérationnels" de 1942 à 1945.
À l'issue de cette période, l'Aéronautique navale prendra le contrôle des installations laissées par ces derniers.