C'est au XVe siècle, vers 1480 que le nom d'Agadir apparaît pour la première fois sur les cartes en remplacement de celui de Porto Mesguina qu'on trouvait sur le Canevas de la carte catalane de 1375 (Massignon, pp. 59-63).
Ce lieu était connu sous le nom de Porto Mesguina, de Gartguessem (Léon l'Africain), de Gart Kisima qui furent les noms primitifs d'Agadir.

En 1506-7, selon Valentim Fernandes, le "Cap de Guer forme une baie qui a un bourg et un château de Maures" distinguant ainsi les deux établissements.
Les archives et historiens de l'époque emploient le terme de Maures pour désigner les Berbères, de Chérifs pour désigner les Princes saadiens dans le Souss (successivement Mohamed el Qaïm à l'origine de la dynastie saadienne, son fils aîné Ahmed el Arej, puis Mohamed ech Cheikh le cadet).

Le cosmographe portugais Duarte Pacheco Pereira (1460-1533) cite d'une part le nom d'Auguoa de Narba (forme portugaise d'Agadir l'Arbaa) et d'autre part le nom de Santa-Cruz.
Selon cet auteur, "l'anse de Narbaa a pour amer* une montagne élevée qui la domine avec quelques masures au-dessus" . Il distingue bien Auguoa de Narba et le château de Santa-Cruz qui se trouve en contrebas : "En bas sur le rivage, se trouve le château de Santa-Cruz, lequel tient la dite anse où peuvent mouiller tous les grands bateaux, par bon fond et bon ancrage".

" Cette forteresse [Santa-Cruz]est située tout près de la mer, et elle est facile à repérer car tous les autres châteaux qui se trouvent derrière le dit Cap Guir sont situés en haut sur la montagne et celui-ci est voisin de la mer "
(De la côte atlantique du Maroc au début du XVIe siècle d'après les instructions nautiques portugaises, Hesperis, 1927, vol 7, pp. 229-258).

Dans une lettre datant du 6 juillet 1510, adressée au roi du Portugal, les habitants de Massa citent le nom arabe du lieu : "Agadir el Arbâa" qui semble bien confirmer l'existence d'un souk du mercredi (arbaa) près de l'agadir du même nom.

* amer : point de repère pour la navigation

En 1505-6, un gentilhomme portugais João Lopes de Sequeira (qui dirigea une factorerie à Massa trois ans auparavant) obtint le soutien du roi du Portugal Manuel I (1495-1521) pour bâtir à ses frais "un fortin à Guadanabar", au bord de l'océan, dans la zone d'influence des Espagnols.

À ce fortin fut donné le nom de Santa-Cruz (Damião de Góis, les Portugais au Maroc de 1495 à 1521, Chap. 94, p. 24),

Ce château était facile à repérer car il se trouvait au bord de l'Océan alors que les autres châteaux étaient situés en haut sur la montagne tels Tarkoukou, Tamarate (Tamraght) (Pacheco Pereira).

Autour de ce château en bois préfabriqué, João Lopes en bâtit un autre, de pierre et de chaux à l'intérieur duquel se trouvait une source abondante d'eau très pure.
Puis, il alla bâtir un autre château sur un rocher séparé de la terre portant le nom de Ben Mirao en face d'un bourg de Maures appelé Tamraght. Le rocher battu par la mer fut bientôt pris par les Maures.